美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰），表面上是协助穆德职业,事业,工作岗位,职责，实际上是渴望,期望,盼望,企望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以及两人交往的加深，穆德和斯科莉最终变成可以为对方出生入死的可靠伙伴……　　本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项。

　　Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来援手,搭手,帮衬,帮助，他们明白,明了,知晓,理解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸搜寻,寻觅,查找,探寻治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

　　FBI Assistant Director Walter Skinner is the prime suspect in a homicide involving a woman he was with the night of her death. Mulder and Scully are all he has to prove his innocence, as superior officers try to shut him down and the only clue is a mysterious old woman.

　　在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

　　持续,延续,存续,连续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季终结,告终,完结,终止于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

　　The continuing search for Jeremiah Smith leads Scully to uncover encrypted data files whose purpose is not yet known. Being closely hunted by an unknown assassin, Jeremiah leads Mulder to a secluded farm in rural Canada while men in suits determine Mrs. Mulder's fate.

　　穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）援助,协助,辅助,助力搜寻,寻觅,查找,探寻搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。　　调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。案情愈加扑朔迷离……

　　X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听职业,事业,工作岗位,职责，斯科莉则回到学院读书。　　某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。　　在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？

　　一名英国的考古学家研究圣经数十载，他认为自己找到了罪恶之城所多玛与蛾摩拉的所在地。出土的陶器碎片，显示这里曾经出现,产生,形成,酿成了威力极大的爆炸事件。这些罪恶之城是否真的存在？它们又在何处？此外，节目还介绍了伏尼契手稿，这份十五世纪的文件中所记录的图像与文字，连全球顶尖密码高手也无法破译。伏尼契手稿中究竟有什么样不为人知的秘密？